权门体制的年代（中世）
院政·镰仓幕府 （1069年－1333年）
平安时代晚期后三条天皇开启了日本的院政期。现在的研究认为，作为历史分期的标志的主要因素，如庄园制的确立、权门体制等等，都在院政期确立。因此，中世从院政开始而不是镰仓时代开始已经成为了共识。这一时期，经过数次的庄园整顿，庄园制作为权门体制的经济基础得到确立。院厅成为了第一个权门家政机构，随后，寺家、武家相继建立了类似的家政机构，国家政治开始进入被权门势家的家政支配所分割的时代。公家、武家、寺家各大权门势家各有自己的政所、武装力量，有着自己的庄园支配系统，并且在自己的支配范围内实施审判权，发行奉书、政所下文、院厅下文这样的文书，实施自己独立的权门政治，这样的情况从院政一直持续到室町时代结束。院政晚期，平清盛建立了史上首個武家政權，是謂「平氏政权」。在宗教政策上，中世的典型特征是显密体制。以延历寺、园城寺、东寺、兴福寺为中心的显密寺院承担镇护国家的职能，开展各样的密教法会、祈祷。而大寺社也有自己的家政机构、武装力量、庄园，作为“寺家”或者“寺社势力”与公家、武家互相补充，掌控国家。
源平合戰與奧州征戰後，源賴朝建立以镰仓为中心的武家政权。武家政权镰仓幕府作为执掌军事警察权和一部分裁判权的武家权门机构与公家政权共同支配国家。镰仓幕府于1185年镰仓幕府成立，终于1333年（正庆二年，元弘三年）幕府灭亡，历经149年。
源賴朝在打敗伊勢平氏以後，在後白河天皇（時為法皇）的挑撥下，與他的弟弟源義經交惡，後來義經轉投奧州藤原氏，賴朝迫奧州藤原氏殺死義經，但義經死後兩月，奧州藤原氏仍然被鎌倉幕府所滅。
源賴朝死後，幕府的政權開始被他的妻子北條政子與岳父北條時政掌握，北條政子又稱為尼姑將軍。北條氏借由世襲幕府執權一職架空幕府將軍的權力，甚至在除掉第二、三代將軍源賴家、源實朝兄弟以後，從京都迎接貴族攝關家藤原氏甚至皇室成員出任將軍。当然并不是说此时的将军是完全没有实力的。事实上，在将军九条赖经的时代，将军支配众多有力御家人以对抗北条氏，在京都则有将军的父亲九条道家执掌公家最高权力，延历寺等大寺社也被九条家控制，此时九条家的势力达到顶点。但在宝治合战后，九条家失败，此後，幕府的政權被北條得宗家所世襲的執權所領導，史称得宗专制。而幕府也很大程度上左右了朝廷的政局、摄关的更替及皇位的废立等等。
在北條時宗在位的時候，元世祖忽必烈曾兩次侵日未果。
後期，镰仓幕府的統治日漸衰敗，無法維持，終於後醍醐天皇舉兵，然後被討伐大將、上野大族足利尊氏的倒戈而滅亡。
在院政后期和镰仓时代，日宋日元贸易的繁荣推动了文化的发展。禅律僧推动的佛教变革，为日本文化引入了新的元素。入宋僧荣西、道元、俊芿、圆尔辨圆等在宋朝留下了足迹，而兰溪道隆、无学祖元等的东渡也使得镰仓时代被称为“渡来僧的时代”。
南北朝時代 （1334年－1392年）
後醍醐天皇消滅了鎌倉幕府後，就進行了第一次的王政復古，推行新政，史稱建武新政。由於，新政未能大部分滿足武士的要求，而且只重用京都的公卿貴族，故引來武士的不滿。其中，倒幕大將足利尊氏更為不滿，他雖然被賜給天皇名字中的尊字，但他想開幕府，結果足利尊氏迫後醍醐天皇退位。足利尊氏与失势的持明院统及反對后醍醐天皇的公家势力结合，拥立新天皇，新天皇光明天皇策封他為征夷大將軍開創室町幕府，是為北朝。
而後醍醐天皇退位後持著天皇象徵的三神器退往大和的吉野（今奈良縣），是為南朝，至此南北朝終於形成，史書還稱為“一天二帝南北京”。后醍醐天皇在支持他的武家势力的帮助下持续与北朝作战，并利用足利尊氏与足利直义的矛盾，一度在观应扰乱中得势。經過多次攻防後，南朝的勢力衰退，終於南朝的天皇把三神器交給北朝的天皇，結束了南北朝時代。
室町幕府 （1392年－1573年）
足利氏原是上野豪族，而且更是鎌倉幕府將軍源賴朝同族，足利尊氏在京都的室町開設幕府，是為室町幕府。南北朝的統一是第三代將軍足利義滿進行的，今谷明认为他統一了以後，曾企圖篡奪皇位，但是现在的更多研究则倾向于认为足利义满的顶点是类似法皇的权利，而不曾有篡位的企图。足利义满当政期间，公家、武家纷纷与足利义满结成主从关系，在他之下建立了公武一统的政权。
由於當初足利氏為了對付南朝，必須於京都開設幕府，而在鎌倉設公方府，引來了關東大亂。
在第八代將軍足利義政在位的時候，因繼承權問題爆發了應仁之亂，自此幕府的權威日下。原本受幕府策封於各地的守護大名，有的漸漸被守護代（副官）、家臣、國人篡奪政權，有的可以保持政權至戰國時代。從應仁之亂開始，至室町幕府滅亡，稱為戰國時代。
在京都中，幕府的權威日漸衰落，被管領細川家所干涉、擁立。第十三代將軍足利義輝被三好長慶家臣松永久秀所殺，他的弟弟足利義昭被織田信長擁立，後因與信長作對而被流放，幕府滅亡，正式進入安土桃山時代。
室町幕府第三任將軍足利義滿推动了日明勘合贸易的发展。1401年，足利义满曾向明廷朝貢，明朝賜足利義滿“日本國王”金印一枚，足利義滿回書自稱“日本國王，臣源義滿”。当时，足利义满身着僧衣，在金阁寺迎接明使，但兩國於7年後斷交。日本对“唐物”有着空前的喜好，而明朝铜钱的流入了推动了日本商品经济的发展。
幕藩体制的年代（近世）
安土桃山時代 （1573年－1603年）
天正元年（1573年），織田信長放逐了末代將軍足利義昭，室町幕府宣告滅亡。後逐漸成為全國最強大的軍事首領，並開始積極拓展統治版圖，直到天正十年（1582年）消滅甲斐大名武田氏為止，已幾乎完全控制近畿與東海地方，並將勢力延伸至中國地方、甲信越地方、四國地方以及北陸地方，此時的全國實際政治中心也轉移到安土城的織田氏手上。同年，部將明智光秀發動本能寺之變，織田信長死去（或說失蹤），其長子兼織田家家督織田信忠敗給明智光秀後自殺，整個織田氏頓時陷入混亂。
此時，織田氏部將羽柴秀吉在山崎之戰中討滅明智光秀，並在後來的清洲會議中擁立織田秀信繼位並取得優勢，而於隔年的賤岳之戰打敗另一重臣柴田勝家，成功整合織田氏的版圖。
1584年，羽柴秀吉與東海地方大名德川家康爆發會戰，雙方經過一番對峙後進行和解並結為同盟，同年，大坂城完工，羽柴秀吉以此為根據地建立豐臣政權，開始進行統一全國的計畫。1585年，羽柴秀吉認近衛前久為猶父提高身價出任關白。經歷四次的大規模討伐後，1590年，接受天皇賜姓豐臣的秀吉完成全國大致上的統一，使日本進入百年來首見的和平時期，全國的實際政治中心也轉移到大坂城的豐臣氏手上。
此後，豐臣秀吉鼓勵商業以廣開財源外，持續推動全國檢地與刀狩令的工作，並以各種手段削弱主要大名的封地。 1592年起，他發動兩次侵略朝鮮的戰爭，史上合稱文祿·慶長之役（即萬曆朝鮮戰爭，韩称壬辰卫国战争）。這場戰爭導致西日本諸大名實力大損外，也造成豐臣氏財力上嚴重的負擔，並促使家臣嚴重分裂。1595年，秀吉為幼子豐臣秀賴接班鋪路，賜死時任關白的養子豐臣秀次。
1598年，太閤豐臣秀吉去世，秀賴年幼繼位。全國再度陷入混亂。當時最強大的大名德川家康利用政治手段控制大坂城的權力中心，招致多數大名與豐臣內部文官的不滿。1600年，不滿的大名在文官石田三成與大名毛利輝元的號召下起兵討伐德川家康，雙方在關原之戰中交手，結果德川家康大獲全勝，成為全國實際的統治者。1603年，天皇下旨封其為征夷大將軍開創江戶幕府，至此進入江戶時代。
江戶幕府 （1603年－1867年）
1603年（慶長8年）至1867年（慶應3年）間被稱為江戶時代，於江戶設置了江戶幕府。
豐臣秀吉死後，德川家康在關原之戰（関ヶ原の戦い）中獲得勝利並被委任為征夷大將軍，於大坂之戰中滅了豐臣氏。幕府藉由禁中並公家諸法度（禁中並公家諸法度）與武家諸法度駕馭朝廷和大名，各大名因參勤交替制度（参勤交代）被要求定期往返江戶與其領國。幕府禁止基督教（キリシタン、cristão），經歷島原之亂並完成鎖國政策，只進行少部份在長崎出島與荷蘭和清朝的交易。和朝鮮王朝則透過朝鮮通信使維持關係。
政治一安定經濟也跟著發展，在德川綱吉時代景氣良好，商人與町人盛行元祿文化（元禄文化）。江戶時代中葉，幕府財政陷入困境，德川吉宗實行享保改革（享保の改革）後暫時恢復了財政，之後卻又再度惡化，在其後由松平定信推動的寬政改革（寛政の改革）、水野忠邦推動的天保改革等企圖改善，但卻未解決根本。伴隨著貨商經濟的發展，化政文化（化政文化）等的町人文化（町人文化）盛行的另一邊，以往以米的年貢（年貢）為基本收入的大名與旗本轉為貧窮化。大名實行藩政改革（藩政改革），土佐藩、長州藩與薩摩藩等在靠此改革成功後被稱呼為雄藩（雄藩）。
幕府末年被歐美各國逼迫開國，經由培里來航而簽下了日美神奈川條約（日美和親条約）等不平等條約使得鎖國崩裂。隨著開國與尊王攘夷思想強盛，幕府大老遇刺身亡與薩英戰爭都令幕府的權威一落千丈，最終德川慶喜先後把政權與領地交還朝廷。
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